Podczas pielgrzymki do Polski w 1997 roku w kolegiacie św. Anny Jan Paweł II spotkał się z pracownikami nauki z okazji 600. Wydziału Teologicznego UJ i wygłosił pamiętne przemówienie, co upamiętnia tablica na fasadzie kościoła. Wcześniej często modlił się w tym akademickim kościele przy relikwiach św. Jana Kantego, profesora i rektora Akademii Krakowskiej z XV wieku, którego uważał za wzór.